为满足国家和长三角经济发展对计算机科学与技术人才的需求，上海海洋大学于1994年成功申报计算机科学与技术专业，并于1996年开始正式招生。2006年学院获批计算机应用硕士点，2011年4月获批计算机科学与技术一级学科硕士点及计算机技术专业学位硕士点。教师总数35人，专任教师中教授5名、副教授16名、讲师12名工程师2名，其中博士学位29名，2人具有海外博士学位。
专业紧紧依托学校在海洋、水产、食品领域的学科优势，聚焦智慧海洋和智慧渔业，在海洋物联网监测关键技术、基于云计算的海洋复杂类型数据存储与处理技术、动物精细养殖关键技术与装备等方面开展研究。在水产与海洋信息化领域获上海市科学技术进步一等奖3项、上海市科学技术进步二等奖2项， “以人工智能鱼为抓手探索多学科融合的教学设计与创新实践”项目获上海市教学成果一等奖，“交叉复合型海洋信息紧缺人才校企协同培养体系的构建与实践” 项目获上海市教学成果奖二等奖，2017年获“中国产学研合作创新成果奖”一等奖。
计算机科学与技术专业拥有多个学科、专业、创新实验室及研究平台，学科平台包括渔业信息领域全国唯一的部级重点实验室-----农业部渔业信息重点实验室、与国家海洋局共建的数字海洋研究所、上海市数字农业工程技术研究中心和上海市农业物联网工程技术研究中心；专业实验室包括海洋物联网技术、嵌入式系统与信息处理、海洋环境检测技术实验室、综合软件实验室、信息安全实验室、网络工程实验室、硬件实验室等专业实验室；创新实验室包括人工智能鱼实验室、机器鱼实验室。此外，本专业十二五以来，承担国家自然科学基金、国家863计划、国家发改委、上海市科委、上海市农委等项目50余项，出版《渔业船联网》、《水产物联网》、《海洋大数据》、《航运大数据》等多部专著。
计算机科学与技术专业教育教学遵循基于“学习产出”(OBE)的教育理念，结合计算机科学与技术发展和社会需求变化，依托学校“一流”学科建设，面向智慧海洋、智慧渔业，设计符合本校办学定位的专业培养目标和毕业要求，制定科学合理的培养方案与教学计划。
专业始终坚持开放的办学模式，与国内外企业及高校建立了长期广泛的联系，先后与全美测评软件系统（北京）有限公司、东软集团、文思海辉、寒武纪、新致软件、上海中远咨询科技有限公司等多家知名企业建立校外实习基地，开展实习实训。
同时积极开展国际合作，与美国佐治亚西南州立大学信息与计算机学院联合推出“4+1”本硕连读模式，与英国爱丁堡龙比亚大学联合推出“3+1”双文凭连读模式等。